Die Fritz-Ulrich-Schule wurde ursprünglich als Volksschule im Stadtteil Böckingen errichtet. Der Schulbetrieb startete in zwei Phasen: Im September 1968 an der Grundschule, im Januar 1969 auch für die höheren Jahrgänge. Die Fertigstellung der Turnhalle im April desselben Jahres vollendete den Gebäudekomplex.
Aus Anlass des 80. Geburtstages des Heilbronner Ehrenbürgers Fritz Ulrich am 12. Februar 1968, fasste der Gemeinderat den Beschluss, die Schule im Rahmen der Einweihung am 8. Juli 1969 nach dem Heilbronner Chefredakteur, SPD-Politiker und langjährigen Landesinnenminister Fritz Ulrich zu benennen.
Am 4. Mai 1970 wurde in der Böckinger Fritz-Ulrich-Schule das erste Schul-Schwimmbad der Stadt eingeweiht. Rektor Ernst Liebendörfer bezeichnete das Lehrschwimmbecken damals als „Kleinod“, das der Schule hier geschenkt worden sei. Es ist bis heute das einzige Schwimmbad Böckingens. Der erste Platz, den die Fritz-Ulrich-Schule bereits 1972 bei einem von der Deutschen Olympischen Gesellschaft und von der Gewerkschaft Erziehung und Wissenschaft organisierten Schwimmwettbewerb errang, war der erste der vielen, mittlerweile traditionellen Erfolge von Schwimmern der Schule.
Die Fritz-Ulrich-Schule ist bereits seit dem Schuljahr 2012/13 Gemeinschaftsschule und gehört somit zu den Starter-Schulen des Landes Baden-Württemberg. Die Einführung der neuen Schulform unter Schulleiterin Christiane Ziemer erfolgte damals durch die Entscheidung des Kollegiums und die Zustimmung des Gemeinderats. Seitdem lernen Kinder in heterogenen Lerngruppen gemeinsam und nach Tischgruppenprinzip.
Es zeigte sich, dass bauliche Maßnahmen große Auswirkungen haben können: Nach einem technischen Defekt am Antriebsmotor einer Dachluke, wurde die Turnhalle der Schule am 7. November 2012 durch einen Brand völlig zerstört. Im Februar 2014 beschloss der Gemeinderat zunächst einen Turnhallenneubau sowie eine Generalsanierung der gesamten Bausubstanz der Schule. Später revidierte die Stadt diese Entscheidung jedoch und beschloss den Umzug der Fritz-Ulrich-Schule in das ehemalige Gebäude der Gerhard-Hauptmann-Schule in die Karlstraße 104. Der Umzug in die Innenstadt wurde im Februar 2018 – also mitten im Schuljahr – vollzogen. Mit damals 17 Lerngruppen, 40 Lernbegleitern und tonnenweise Lernmaterial zog die Fritz-Ulrich-Schule innerhalb Heilbronns von Westen nach Osten – und bekam so wieder eine Turnhalle sowie eine eigene Haltestelle der S‑Bahn-Linie 4.
Im Sommer 2018 wechselte Ziemer in leitender Funktion in den Personalrat. Nach einjähriger Vakanz konnten Schülerschaft und Kollegium zum 1. Juli 2019 die neue Schulleiterin, Dr. Uta Dany, willkommen heißen.